Hola Darwin,
Una de las consideración principales a tener en cuenta va a ser la estrategia de desarrollo y así decidir si instalar o no las herramientas de colaboración en desarrollo. Especialmente Team Fundation Server. Dependiendo de si vais a desarrollar un par de personas solamente y cada uno en su proyecto de forma aislada o si vais a trabajar varios equipos desde distintos sitios (ej un partner desarrolla algo y vosotros internamente también) vais a necesitar instalarlo o no.
Hay un curso en AXAZURE que explica precisamente el uso de TFS:
http://www.axazure.com/course-detail/140/curso-gestión-del-ciclo-de-vida-con-team-foundation-server/
Pero como te decía su uso dependerá de la cantidad de personas y de la forma de desarrollar.
Además veo en la lista que no hace referencia a Reporting Server (SRSS) ni a LCS. Si vais a desarrollar informes necesitas SRSS (y SASS para los cubos olap) y respecto a LifeCycle Services, es mas que recomendable su uso en R3 para gestionar los desarrollos y las hotfix a instalar. Normalmente se usa desde el inicio del proyecto para modelar los procesos y de ahí definir gaps, infraestructura, etc., pero si no lo habéis hecho, ahora podéis hacerlo para monitorizar AX y llevar un control de los desarrollos, los hotfix que deben instalarse e incluso de las incidencias con Microsoft que podáis encontrar.
Le voy a comentar a mi compañero Juan Antonio que seguro te puede detallar un poco mas que herramientas se necesitan.
Saludos.