Buenas Cris, la verdad que no domino la parte técnica de NAV, pero para hacer limpia transaccional en cualquier ERP es de vital importancia tener un dominio total y absoluto del modelo de la BBDD (SQL) para saber donde eliminarlo.
A pesar de ello, tiene un alto riesgo eliminarlo de la BBDD, en una ocasión con AX tuvimos que hacer algo similar, y para que no apareciesen esas transacciones lo hicimos sin borrar ningún registro… en lugar de ello editamos el DataAreaId (id de empresa) por uno ficticio en cada uno de los registros. De esta manera no eliminamos nada (por si teníamos que recuperarlo) y fue una solución transparente y perfectamente válida para el usuario final.