Bueno como uno a veces busca la solución a los casos y la idea es hacer de esta comunidad es una base de conocimiento y experiencias vividas o sufridas, plasmo como solucione el caso.
1) Realice el conciliación de Ventas (realmente hice conciliación de todo) y esto no arrojo los resultados esperados aunque siempre es bueno hacer por si acaso.
2) Ejecute Comprobación de Vínculos de todas las series y aquí fue donde se corrigió el error de la factura, una de las cosas que vimos es que no tenia los datos del cliente en la cabecera de la factura.
3) Se observo posterior a la recuperación de la factura ya que contenía un articulo no reflejaba los montos de impuestos y por ende el registro estaba completamente corrupto.
4) se decidió ELIMINAR la factura y volver a cargar la factura con el numero correspondiente, se le explico al usuario que ELIMINAR no es lo mismo que ANULAR(esta acción si inhabilita el correlativo de la factura y genera el siguiente) con la acción de ELIMINAR( se borra el registro y puedes volver a usar el numero de la factura) el ingreso del numero es manual ya que el sistema tiene guardado el ultimo numero de factura usado(la que tenia el problema).
Y Listo solución al problema.