Hola Cristian,
Por lo que comentas es posible que tenga que ver con el las “Reglas de transferencia por lotes”(Contabilidad General > Parámetros de contabilidad general) y revisa que está configurado en Sincrónico. (De esta forma se registran las transacciones del documento original de los subdiarios contables a los asientos contables y siempre A LA MISMA vez que se crean los subdiarios al registrar los documentos originales)
Te mando una captura de pantalla (disculpa que está en inglés)

Si lo tienes con otra opción, los asientos se registrarán mediante un proceso por lote periódico, por lo que deberías revisar si el lote está con algún error y quedan asientos del subdiario contable aún no transferidos. (Contabilidad general > Tareas periódicas > Asientos del subdiario contable aún no transferidos)

Espero que te ayude.
Saludos.